Mehaničkom filtracijom u akvakulturi izdvajaju se čestice iz vode kako ne bi došlo do pogoršanja njene kvalitete i eventualnog ugrožavanja uzgajanih organizama. Otpad se ovisno o veličini čestica može podijeliti na otopljeni, plivajući, suspendirani i taloživi, a iz vode se izdvaja procesima gravitacije, filtracije ili flotacije. Izdvajanje gravitacijom temelji se na sedimentaciji, a ovim se procesom uklanja taloživi otpad u bazenima za taloženje, cijevnim taložnicima i hidrociklonima. Filtracijom se izdvajaju čestice koje su veće od šupljina filtra, koje mogu biti dosta velike, za zadržavanje taloživih čestica, ili jako male, za zadržavanje suspendiranog otpada. Filtri koji se pritom upotrebljavaju imaju neku vrstu sita, poput mrežice ili membrane, granularni medij poput zrnaca pijeska ili plastike, ili neki porozni medij poput dijatomejske zemlje i različitih uložaka. Najfinije čestice otopljenog i plivajućeg otpada izdvajaju se procesom flotacije pomoću struje zraka. Za obradu otpada iz recirkulacijskih akvakulturnih sustava koriste se i umjetne močvare.